安全保護系統對任何儀器設備都是很重要的。為保證整機設備和人身安全，對于用戶來說，我們設計分配了2 級的安全級別，即管理者和操作者。管理者可以修改工藝和參數，而操作者只能執行程序，查閱程序參數。
不論是工作在自動工作方式，還是手動維護方式，輸出量的互鎖保護都是非常重要的。為防止誤操作，我們設計了互鎖電路和程序互鎖的2 級互鎖。條件不充分按錯鍵時，系統給予提示不執行錯誤命令。系統中還增添了某些重要參數的安全區域報警或警告。通過紅黃綠三色報警燈和訊響器的控制動作，分別實現各種情況的警示。如工藝過程中工藝氣體充氣流量稍低于設定流量時，給予黃燈訊響警告仍然繼續工作，壓力恢復后流量轉為正常，綠色指示燈亮。但當流量低于設定的下限時，紅燈點亮報警，停止工藝進程
鍍膜機通過用戶的使用和生產，證明整個程序化自動控制系統滿足了用戶的使用要求。控制系統界面清晰友善、編程簡單、操作方便、數據查閱迅速、系統穩定可靠、工藝重復性好，光學減反射膜層的透射率等性能指標完全符合航天高性能GaAs 太陽電池的要求，并為今后提高GaAs 太陽電池的減反射膜層性能提供了良好的平臺。
盡管如此，電子束蒸發鍍膜機的發展在國內已有幾十年，技術雖不斷提高，但比較國外先進技術還有一定差距，特別是高端領域。本文對電子束蒸發鍍膜機所應用的控制技術國際上雖然不是很新的技術，但此方面控制系統的應用，在國內生產的真空應用設備上還很少，且要能長期工作穩定可靠，還有很大的發展空間，這是和國內真空行業在高端真空應用設備上的整體發展水平相關的。
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